Hierzu braucht man als Nutzer keine große Rechnerkapazität oder extensive Erfahrung im Bereich des Proteindesigns. Das Toolkit bietet seinen Nutzern vielfältige Designtools, schnelle Analysen, einfache Interpretation und Resultate zum herunterladen. Das Rahmenprogramm für der Damietta Server wurde in Nucleic Acids Research veröffentlicht und bietet eine umfassende Ressource für die biologische Forschergemeinschaft.
Das Damietta Protein-design Toolkit bietet eine webbasierte Plattform an, die mehrere Proteindesign Tools integriert. Diese Plattform wurde durch das MPI-Bioinformatik-Toolkit inspiriert. Dies vereinfacht Arbeitsabläufe in der Bioinformatik signifikant und wird von der Abteilung für Proteinevolution am Max-Planck-Institut für Biologie Tübingen unter der Leitung von Prof. Andrei Lupas betrieben. Er hat ebenso die Entwicklung des neuen Protein-Design-Toolkits unterstützt.
Im Gegensatz zu Methoden, die auf maschinellem Lernen basieren, stützt sich Damietta auf etablierte physikalische Prinzipien und gewährleistet so, daß die Ergebnisse verallgemeinbar, genau und interpretierbar sind.
Der Damietta Server vereinfacht für den Nutzer den Prozeß des Proteindesigns indem er folgendes liefert:
• Schnellere und genauere Berechnung. Was zuvor Wochen dauerte, braucht nun nur noch ein Tag oder weniger.
• Intuitive grafische Oberfläche, die es auch Forschern mit wenig Erfahrung im Proteindesign ermöglicht das Toolkit effektiv zu nutzen.
• Verbesserte Transparenz, dadurch daß klare und interpretierbare Ergebnisse geliefert werden. Sie ermöglichen es den Forschern, die zugrundeliegenden physikalischen Interaktionen zu verstehen, die das konstruierte Protein beeinflußen.
Größeres Potenzial für neue biomedizinische und therapeutische Anwendungen
Bisher, hat die Damietta-Software ihre Wirksamkeit beim Entwurf von zwei Klassen von Proteinen für die Krebsbehandlung unter Beweis gestellt. Das Team nutzt die Software auch, um Proteine zu entwickeln, die bei verschiedenen Erkrankungen hilfreich sind, z. B. bei Knochenmarkversagen und Leukämie.
Derzeitigen Nutzer können sich auf künftige Updates freuen, da die Forscher Damietta aktiv weiterentwickeln. Es soll möglich werden eine Membranumgebung und nicht standardisierte Aminosäuren und kleine Moleküle einzubeziehen.
Der kostenlose Webserver, interaktive Tutuorial und Benutzerhandbücher stehen an dieser Stelle zur Verfügung.
Original Paper:
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